对于小学生出现的心理问题，北大心航线认为既有孩子自身成长的因素也有孩子生长的环境因素，是“内因”和“外因”综合作用的结果，总结起来主要有以下几方面的原因：
1、身心成长的失衡。
随着年龄的增长，孩子的身体在每天发生着变化，他们阅历浅，知识和经验不足，认识力、理解力、思维能力都远远不如成年人。这种生理发育与心理发展的不平衡使小学生出现许多困惑、烦恼和躁动不安，产生心理问题。
2、家庭教育的误区。
对孩子的过度宠爱和对未来的期望值过高，使家庭教育普遍存在忽视品德发展、人格教育、实践能力和社会责任感等社会性教育的倾向。北京大学冬令营提出，现在的家长只重视孩子的学习、才能，却忽视了对其品德、责任感的培养。当家长的期望值与孩子的自身需求相冲突时，便会使青少年感到压抑和不满，给孩子造成疑虑、忧郁等心理疾患，导致孩子高分低能或心理不健全。
3、学校教育的误区。
一些学校和教师迫于压力不得不使出浑身解数，追求升学率、打造名牌效应，成绩成为评价学生能力高低的惟一标准，学生情感上的苦恼不能及时向老师和家长诉说，就会造成心理压力，形成心理障碍。小学心理健康教育在不同地区的发展很不平衡，特别是还存在着学科化、医学化、片面化、形式化、孤立化等不良倾向。
4、社会环境的影响。
学校教育展示给学生的是正面教育；而当今各种思潮冲击着我们的社会，纯洁的教育内容与复杂的社会生活之间形成强烈反差，致使学生陷入无以参照、无以归附的境地，学生思想的混乱、情绪的波动，也是心理障碍形成的原因之一等等。