马桥古文化遗址含3层不同时代的文化遗存 ：上层为春秋战国时代印陶文化遗存；中层出土大量商代石、骨、陶器，为太湖地区早期印陶文化的典型遗存，被命名为马桥文化；下层发现新石器时代建筑遗迹和墓葬，为距今4000年的良渚文化遗迹。文化遗存下面还有一条贝壳沙带，说明遗迹所在地是古代海岸。遗迹的发现对于研究上海地区古海岸位置和成陆年代具有重要意义。
马桥遗址处在冈身地带上，共分4层，依次为唐宋时期遗存、春秋战国时期遗存、商周时期遗存和新石器时代遗存，出土有新石器时代良渚文化遗物及唐、宋、明、清各代文物，分布于5个土层，为上海古代历史的研究，提供了一批珍贵的实物。
距今5500年，马桥遗址已经形成陆地。从菘泽文化至良渚文化过渡时期，先民们就开始在这里繁衍生息。至夏商时期，成为环湖地区面积最大、最具有当时社会生活面貌的典型村落，总面积超过150000平方米。春秋战国至唐、宋、元时期，这里一直是先民们的定居地。1982年，马桥遗址被考古界定名为“马桥文化”。