崇明东滩位于上海市崇明岛的最东端，南北濒临长江的入海口，向东缓缓伸向浩瀚的东海，并与南北大陆遥遥相对。崇明东滩保护区南起奚家港，北至北八滧港，西以 1968 年建成的围堤为界限，东至吴凇标高零米线外侧 3000m 水线为界，仿半圆形航道线内属于崇明岛的水域、陆地和滩涂。即位于东经 121050 ' — 122005 ' ，北纬 31025 ' — 31038 ' 之间。
崇明东滩保护区面积为 326 平方公里，属长江口典型的河口湿地。其中自然保护区在堤外滩涂的面积共 265 平方公里，包括吴淞标高零米线以上的滩涂为 120 平方公里，吴淞标高零米线以外宽度 3000 米 内的水域 145 平方公里。堤内以人工湿地为主的面积为 61 平方公里。
崇明东滩位于长江入海口，处于我国候鸟南北迁徙的东线中部，地理位置十分重要。其生物多样性价值体现在物种的多样性和生态系统的多样性。东滩滩涂辽阔，拥有丰富的底栖动物和植被资源，是候鸟迁徙途中的集散地，也是水禽的越冬地。崇明东滩记录的鸟类达 312 种，迁徙水鸟上百万只。其中国家一级保护动物 4 种，国家二级保护动物 43 种。属中日候鸟保护协定的 167 种，属中澳候鸟保护协定的有 51 种。列入《中国濒危动物红皮书》的水鸟有 12 种。另外，根据 1996 年春季调查统计到的涉禽数量上分析，有 8 种超过或到达世界种群 1% ； 3 种达到或超过停歇地大于 0.25% 标准。 1999 年崇明东滩正式加入东亚— 澳大利亚涉禽迁徙保护网络， 2002 年 1 月，湿地国际秘书处正式接纳崇明东滩为国际重要湿地。
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